|
|
Cancer Immunotherapy exploiting engineered antibody fragments against prostate-specific membrane antigen
Das, Gargi ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent) ; Ormsby, Tereza (oponent)
(Czech) Rakovina prostaty (PCa) představuje jednu z hlavních příčin mortality související s rakovinou v populaci mužů. Tento stav vyžaduje vývoj nových terapeutických přístupů přesahujících současnou konvenční léčbu s omezenou účinností. Prostatický specifický membránový antigen (PSMA) je jedním z nejpokročilejších biomarkerů pro zobrazování i terapii PCa díky své expresi specificky výrazně zvýšené neoplastických tkáních PCa a v metastatickém kastračně rezistentním karcinomu prostaty. Imunoterapeutické postupy zaměřené na PSMA skýtají v současné době velký potenciál jakožto nová platforma pro účinnou léčbu onemocnění. Předkládaná doktorská práce je zaměřena na inženýrství protilátkových fragmentů a fúzních proteinů odvozených z vysoce afinní monoklonální protilátky 5D3 specificky rozpoznávající PSMA. Cílem vývoje těchto molekul bylo dosažení specifického spojení imunitních buněk s biomarkerem PSMA vyvolávajícího eliminaci buněk prezentujících tento antigen. Za tímto účelem jsme zkonstruovali jednořetězcové variabilní fragmenty (scFv) protilátky 5D3, které byly následně fúzovány se sekvencemi anti-CD3 scFv a CP33, čímž jsme vytvořili fúzní proteiny specificky spojující imunitní buňky s T lymfocyty (BiTE) nebo s monocyty (5D3-CP33). Fúzní molekuly byly produkovány pomocí hmyzího expresního systému,...
|
|
|
Predicting local structural properties from antibody sequence
Beňo, Roman ; Příhoda, David (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Predikce lokálních strukturních vlastností protilátek na reziduální úrovni je hodně důležitá pro detekci přítomnosti posttranslačních modifikací (PTM), které často indukují strukturální změny v protilátce, negativně ovlivňují její dlouhodobou skladovatelnost a vedou ke ztrátě jejího terapeutického potenciálu. V této práci predikujeme u jednotlivých reziduí relativní povrchovou dostupnost pro rozpouštědla (RSA). Tato vlastnost je spolu s typem dotyčné aminokyseliny klíčovým indikátorem přítomnosti oxidací methioninu a dalších typů PTM. Díky konzervovanosti struktury protilátek jsme zjistili, že různé třídy predikčních metod produkují téměř zaměnitelné výsledky - celková průměrná absolutní chyba (MAE) 5,64 procentních jednotek RSA pro nejvýkonnější z odzkoušených metod založených na strojovém učení, ve srovnání s hodnotou 5,96 naměřenou pro nejvýkonnější statistickou metodu. Výrazné zlepšení kvality predikce pozorované ve srovnání s metodou náhodné predikce s MAE 35,996 lze také připsat zachování struktury sekvence. V CDR oblastech je předpovědět hodnoty RSA obtížnější. Přestože metody a postupy, které v této práci používáme, zdaleka nejsou schopny poskytnout komplexní předpověď struktury, můžou se stát modulárním nástrojem s vysokou propustností pro návrh vhodných terapeutických protilátek. Klíčová slova:...
|
|
|
Zavedení a optimalizace metody ELISA
KOPAČKOVÁ, Tereza
Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay neboli ELISA je metoda mající široké uplatnění zejména v imunologii. Metodou lze prokazovat antigeny i protilátky. Základním principem metody je reakce antigenu a protilátky a následné vytvoření imunokomplexu. Imunokomplex je detekován konjugátem, který způsobí barevnou změnu substrátu v případě přítomnosti antigenu nebo protilátky ve vyšetřovaném vzorku. ELISA test představuje jednoduchou metodu významnou pro diagnostiku různých onemocnění nebo laboratorní výzkum. Tato metoda je speciálním typem enzymové imunoanalýzy. Bakalářská práce je zaměřena na obecné zavedení a optimalizaci ELISA metody. Cílem teoretické části práce je obecné seznámení s imunologickými metodami. Podrobně je vypracováno rozdělení jednotlivých druhů ELISA testů včetně principů a využití v praxi. V praktické části je zavedena a optimalizována metoda ELISA s využitím fotometru DYNAREAD pro odečítání 96jamkových mikrotitračních destiček a softwaru AlaDYN. Tímto způsobem je vyšetřeno celkem 8 zkušebních vzorků sér a následně zpracována získaná data. Zkušební měření bylo provedeno pomocí testovací sady QuantiVac ELISA a stanovovány byly lidské protilátky třídy IgG proti SARS-CoV-2 v séru. Jako antigeny byly použity domény spikových proteinů SARS-CoV-2 exprimované rekombinantně v lidské buněčné linii HEK 293. Měření proběhlo pomocí přístroje DYNAREAD a zpracování dat pomocí softwarové aplikace AlaDYN. Měřeno bylo 6 kalibrátorů, pozitivní kontrola, negativní kontrola a poté jednotlivé vzorky sér. Výsledkem měření je 5 vzorků sér, ve kterých byly detekovány protilátky anti-SARS-CoV-2 třídy IgG a 3 vzorky, u nichž se protilátky neprokázaly.
|
|
|
Úloha osy PD-1/PD-L1 při infekci \kur{Borrelia burgdorferi} u myší
PALOUNKOVÁ, Anna
Borrelia burgdorferi, the causative agent of Lyme disease, induces upregulation of inhibitory immune checkpoint PD-L1 in mice. We studied if the blockade of PD-1/PD-L1 axis by neutralizing antibodies influences the proliferation of T lymphocytes and cytokine milieu in imunological synapsis between murine dendritic cells and T cells in vitro.
|
|
|
Metoda imunohistochemie v patologii
HRDINOVÁ, Andrea
Bakalářská práce pojednává o využití imunohistochemických metod v diagnostice novotvarů v patologii. Popisuje využití spektra protilátek na oddělení patologie Nemocnice Český Krumlov, a.s. Imunohistochemické metody jsou dnes významnou metodou používanou v patologii pro typizaci nádorů a v případě metastáz pro určení primárních nádorů. Doplňují standardní barvící metody pro základní diagnostiku, jako např. Hematoxylin-Eosin a Van-Gieson, u kterých je nižší specifičnost. Tyto metody slouží zejména k barevnému odlišení základních buněčných složek a tkáňových komponent preparátu. Metody imunohistochemie jsou založené na principu afinity speciální protilátky vůči danému antigenu a jsou rozděleny na přímé a nepřímé metody. U přímé metody se pro detekci antigenu použije protilátka značená např. enzymem, který po navázání vyvolává barevnou změnu, kterou pozorujeme pod mikroskopem. Nepřímá metoda (dvoustupňová i třístupňová) je metoda mnohem citlivější, je založena na principu neznačené primární protilátky, na kterou se naváže konjugovaná sekundární protilátka s enzymem nebo biotinem. U třístupňové metody pak využíváme afinity avidinu a biotinu, kdy se vytvoří komplex avidin-biotin-enzym (např. peroxidáza), který se znázorní a zvýrazní. Podrobněji se bakalářská práce zabývá diagnostikou nádorů prsu a sentinelové lymfatické uzliny, jak v teoretické, tak v praktické části a dále incidencí těchto nádorů od zavedení imunohistochemické metody na oddělení patologie Nemocnice Český Krumlov, a.s. V neposlední řadě je zde popsána i kazuistika jednotlivých zajímavých případů.
|
|
|
Current approaches in the development of vaccines against infectious viral diseases
Vargová, Soňa ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Osička, Radim (oponent)
Vakcinace zůstává jednou z klíčových biomedicínských intervencí v prevenci virových nákaz. Zatímco rané vakcíny byly vyvíjené atenuací infekčního agens pasážovaním nebo inaktivací, díky pokrokům v oblasti genového inženýrství jsou na vzestupu nové vakcinační platformy. Pandemie nemoci COVID-19 způsobila rychlou adopci a celosvětové nasazení těchto platforem. Vektorové vakcíny vyvolávají expresi antigenu v buňkách a indukují robustní odpověď cytotoxických T lymfocytů, čímž dosahují lepších výsledků, než vakcíny podjednotkové, které stimulují primárně humorální imunitu. mRNA vakcíny nabízejí jednodušší a rychlejší výrobu i škálovatelnost. Na rozdíl od vakcín na bázi DNA, mRNA nevstupuje do buněčného jádra, a tím se snižuje pravděpodobnost narušení genomu buněk. Tato práce si klade za cíl nabídnout přehled současných přístupů ve vývoji protivirových vakcín a diskutovat o různych užívaných platformách. Práce také představí nedávný vývoj profylaktických vakcín proti viru lidské imunodeficience (HIV-1) a viru způsobujícího žloutenku typu C (HCV) a novou strategii založenou na proteinech mimikujících epitopy infekčních agens, a to pomocí "otisků" paratopů široce neutralizujících protilátek. Klíčová slova: vakcína, profylaktická vakcinace, virus, virový antigen, HCV, HIV, mimotop, široce neutralizující...
|
|
|
Opakovaná expozice slinám flebotomů: imunitní odpověď hostitele a vliv na přenášené patogeny
Pohanková, Lucia ; Kolářová, Iva (vedoucí práce) ; Fialová, Anna (oponent)
5 Abstrakt V průběhu sání infikovaného flebotoma jsou do hostitele inokulovány sliny flebotoma, které mohou silně ovlivnit odpověď imunitního systému. Pokud se jedná o naivního hostitele, průběh infekce bývá většinou horší. U kožní leishmaniózy se léze vyvíjejí dřív, bývají destruktivnější a přetrvávají delší dobu. U hostitelů žijících v endemických oblastech výskytu leishmaniózy a jejich přenašečů bývají hostitelé často vystaveni sání neinfikovaných flebotomů. Pro hostitele jsou sliny antigenní a indukují tvorbu specifické buněčné a protilátkové odpovědi. Tato imunitní odpověď navozuje protektivitu proti leishmaniové infekci a liší se u různých hostitelů. Pokusy byly nečastěji dělané na myším a psím modelu. U lidí jako hostitelů je těžké sledovat vývoj leishmaniové infekce po předchozí expozici, proto se u lidí sledují zejména hladiny protilátek, podle kterých pak můžeme určit míru poštípání flebotomy a riziko přenosu leishmaniózy. Klíčová slova: Lutzomyia, Phlebotomus, DTH, protilátky, IgG,
|
|
|
Diagnostika a management aloimunizace v těhotenství
Kučerová, Rebecca ; Hornová, Markéta (vedoucí práce) ; Žižka, Zdeněk (oponent)
Tato bakalářská práce je zaměřena na problematiku aloimunizace matky v těhotenství a zabývá se její prevencí, diagnostikou a managementem. V České republice by se tato komplikace bez zahájení patřičné léčby vyskytla přibližně u 2000 žen ročně. Těhotná je ohrožena v případě, že je Rh(D) negativní a plod zdědí Rh(D) pozitivitu po otci. Rozvoji aloimunizace lze zabránit včasným preventivním podáním anti-D globulinu. I přes systematicky organizovaný systém profylaxe dochází dnes stále u malého počtu těhotných k imunizaci. Plody jsou ohroženy rozvojem anémie v děloze a po porodu potom rozvojem hyperbilirubinémie. U nejtěžších případů intrauterinní anemizace plodu je řešením intraumbilikální transfuze erytrocytů. Cílem práce bylo retrospektivně posoudit výsledky léčby pomocí intraumbilikální transfuze v Centru fetální medicíny. Kvantitativní část výzkumu je doplněna o 2 modelové kazuistiky hydropsu plodů. Kvantitativní část výzkumu analyzuje výsledky všech IUT provedených v od roku 1991 do roku 2021 v Centru fetální medicíny gynekologicko-porodnické kliniky VFN a 1. LF UK v Praze. Pomocí tabulek a grafů byly následně data analyzována a podrobně popsaná. Z výzkumné části této práce vyplynulo, že léčba plodů pomocí IUT je velmi úspěšná a zvyšuje šanci plodů na příznivou poporodní adaptaci. Z výsledků této...
|
|
|
Development of an opsonophagocytic assay for the measurement of functional antibody activity against Bordetella pertussis
Brázdilová, Ludmila ; Bumba, Ladislav (vedoucí práce) ; Dráber, Peter (oponent)
Gram-negativní bakterie Bordetella pertussis je pathogen způsobující onemocnění zvané pertuse nebo černý kašel. Infekce je zvláště nebezpečná pro kojence a pokud není léčena, může být pro ně až smrtelná. Po zavedení acelulární pertusové vakcíny místo celobuněčné dochází k nárůstu případů onemocnění a pertuse je v rozvinutých zemích nejrozšířenější nemoc, jíž lze předejít očkováním. Z toho důvodu je důležitý vývoj nové generace vakcín a stoupá i důležitost metod vyhodnocujících účinnost vakcín. Měření opsonofagocytických procesů je jedna z metod využívaná k vyhodnocení odpovědi na vakcinaci. Hlavní cíl této práce je vývoj opsonofagocytických testů, které měří pohlcení částic a zabíjení mikroorganizmů pro měření funkčních vlastností protilátek proti Bordetella pertussis. Myší a lidské neutrofily byly izolovány třemi různými metodami, jejich opsonofgocytická aktivita byla porovnána a byly použity pro zhodnocení lidských a myších sér v opsonofagocytických testech. Různé experimentální podmínky opsonofagocytických testů byly testovány, včetně různých poměrů fagocytických buněk k bakteriálním buňkám a různých ředění sér. Opsonofagocytický test rozlišil naivní od imunizovaného séra. Sérum z myší vakcinovaných celobuněčnou vakcínou zvýšilo účinnost fagocytózy, kdežto to z myší vakcinovaných acelulární...
|
|
|
Protilátková odpověď vrubozobých ptáků proti ptačím schistosomám
HAVELKOVÁ, Markéta
Motolice rodu Trichobilharzia jsou typicky dvouhostitelští parazité využívající vodní plže jako mezihostitele a ptáky jako definitivní hostitele. Infekční stádia volně plovoucí ve vodě jsou však schopná penetrovat i kůži savce, včetně člověka, a tím vyvolávat hypersenzitivní reakci známou jako cerkáriová dermatitida. Infekce neurotropním druhem T. regenti vyvolává u kachen zvýšení hladiny protilátek třídy IgY specificky rozpoznávajících určité parazitární antigeny. V této práci byly stanoveny tyto parametry u dvou dalších příbuzných, viscerálních druhů, T. szidati a T. franki, a současně byly charakterizovány zkřížené reaktivity protilátek v sérech nakažených kachen vůči heterologním antigenům pomocí ELISA a Western blotu. Protilátky kachen nakažených T. szidati vykazovaly velmi nízkou reaktivitu s antigeny všech tří parazitárních druhů, na rozdíl od protilátek kachen nakažených T. franki i T. regenti. Dříve identifikované silně imunogenní antigeny T. regenti byly zhodnoceny jako druhově nespecifické pro všechny hodnocené druhy trichobilharzie, avšak použitelné pro diagnostiku nákazy ptačími motolicemi u volně žijících jedinců.
|
host ::
RSS.